海港運輸業總工會於1989年成立，回顧在1983年成立以前，海港運輸行業只有六間工會，其中小輪工會、海陸理貨員工會(現物流理貨職工會)成立於上個世紀二十年代初期；倉碼工會、躉船工會、裝卸工會及果菜工會成立於五、六十年代，當時六間工會的會址分佈於港九兩地，如果遇有同一僱主及多個工種的勞資糾紛時，各工會要即時研究維護工人權益的集體行動是有一定困難的。有見及此，以上六間工會於1983年把辦公地點集中到聯合辦事處；各工會的人力物力也同時集中起來，更好地為海港運輸行業的工人服務。
   經過一年的實踐，聯合辦事處在各工會相互督促相互支持下運作順暢，會務有了可喜的成績。與此同時，各工會認為不能停留在聯合辦公的層面上，必須有一個可以代表整個海港運輸行業工人的組織，才能適應工會運動的發展。於是在1984年，海港運輸工會聯合會成立了。
      但由於聯合會只是社團註冊，不是工會註冊，也不是法人團體(即不能擁有物業)又不能明正言順地處理勞資糾紛。故此其代表性是有局限的，在為海港運輸業員工服務中未能發揮更大的作用。必須從社團註冊轉為職工會註冊，才更有利海港工會的發展壯大。於是海港運輸業總工會在1989年成立了。
   十多年來，海港各個工會從分散到聯合，從六間工會發展至包括貨櫃、港粵司機、天星、香港小輪、九龍倉、港口文協、新渡輪在內的十三間工會，為行業的職工做了大量工作，包括改善工資待遇、工業安全條件、職業培訓及技能提升課程等。今後，本會及各屬會將一如既往就勞工權益、社會事務、文娛康樂和在職培訓等提供多元化的服務。